2008年11月由我院牽頭組織研究的國家水體污染控制與治理科技重大專項湖泊主題巢湖水污染治理與富營養化綜合控制技術及工程示范項目順利通過答辯并申報取得成功，該項目是《國家中長期科學和技術發展規劃綱要》設立的探月、大飛機等十六個重大科技專項之一，旨在為中國水污染控制與治理提供強有力的科技支撐。國家重大水專項下設湖泊、河流、城市水源等七個主題，是建國以來級別最高、投資最大、要求最嚴的國家級科技專項。我院牽頭組織的巢湖生態調水課題屬湖泊主題巢湖項目，其課題設置目標是通過江湖交換規律還原仿真、多目標生態水位調控、生態調水總體方案構建、現場調水示范和調水風險控制等多方面研究，為我國實施大型湖泊生態調水提供關鍵技術支撐和引領示范。